Dans un futur proche, les humains ont été forcés à l’exil par un parasite appelé Gastrea. Leur quotidien n’est désormais fait que de désespoir et de terreur… Nous suivons l’histoire de Rentaro, un habitant de Tokyo. Membre d’une organisation destinée à lutter contre le ​Gastrea, il se retrouve chargé des missions les plus dangereuses. Il travaille avec une partenaire, Enju. Se battants à l’aide de leurs pouvoirs, ils se retrouvent chargés par le gouvernement d’une mission classée secrète. Leur objectif ? Sauver Tokyo d’une imminente destruction...