L'histoire se passe dans un proche avenir, dans un monde né de l'imagination humaine où les fantômes et esprits qui sont censés être fictifs existent réellement et sont visibles. Ces esprits se nomment "Phantoms."
Dans ce monde nous suivons Haruhiko Ichijo, qui est un élève de première année de l'Académie de Hosea qui passe ses journées avec une autre lycéenne nommée Mai Kawakami.
Notre héros, Ichijo, fait partie d'un petit groupe dont il en est le créateur. Les membres de ce groupe dont lui-même possèdent des pouvoirs spéciaux qui leur servent à combattre certains "Phantoms" dangereux pour l'homme.
Notre petit groupe va connaitre des hauts et des bas en vivant calmement leur vie avant qu'un certain incident ne les mène à la vérité de ce monde...